En concordancia con lo dispuesto en la Ley 909 de 2.004 y la reglamentación complementaria establecida en los decretos leyes 770 y 785 de 2.005, la Contraloría General del Magdalena estableció su estructura organizacional y  la planta de personal. La Entidad para el de sus actividades misionales, administrativas y operativas cuenta con las siguientes dependencias: Despacho del Contralor, Oficina Administrativa, Oficina Asesora de Control Interno, Oficina Jurídica y Jurisdicción Coactiva, Oficina de Control Fiscal y Oficina de Responsabilidad Fiscal.